Laut Handbuch des Cantorum III ist das möglich. Das Pedal muss allerdings auf Kanal 4 senden.
Ich bin mir allerdings nicht sicher (bzw. konnte es nicht eindeutig herauslesen), wie der Manualsplit eingestellt werden muss, damit die Pedalregister nur vom externen Pedal gespielt werden und nicht zusätzlich von der untersten im Manual betätigten Taste. Da wirst du wahrscheinlich ein bisschen rumprobieren müssen.
Das Handbuch ist leider etwas unübersichtlich, da es neben dem Cantorum und der Jubileum 161 auch noch zwei Expander beschreibt.

Viele Grüße
Trompetendulzian