Marterwerkzeug halte ich in diesem Zusammenhang für einen überzogenen Begriff.
Manche Menschen ertragen hochfrequente Mixturtöne nur schwer. Marterwerkzeug?
Meine selige Großmutter empfand den Gesang der Solosopranistin stets als Qual. Marterwerkzeug?
Wenn jemand zeitgenössische dissonate Orgelmusik als nervtötend empfindet: Marterwerkzeug?
Ich wäre vorsichtig mit solchen Etiketten...

Ein mulmiges Gefühl kann durchaus erwünscht sein. Warum steigen Menschen in eine Achterbahn? Warum lieben Menschen Horrorfilme? Extremsituationen haben offensichtlich einen gewissen Reiz.
Zurückkommend auf die angesprochene Demutspfeife glaube ich kaum, dass hier der Klerus oder der Orgelbaumeister ihre sadistischen Phantasien ausgelebt haben; eher könnte ich mir vorstellen, dass mit solch einem Register auch einem gewissen Bedürfnis Rechnung getragen wurde.
Immerhin entscheiden die allermeisten selbst, welchen Situationen sie sich aussetzen - und welche sie lieber meiden. Das kann durchaus auch für Epochen gelten, als die Sonntagspflicht eingefordert wurde. Ob es einen Zwang gab, in der Stadt genau jenen Dom zu frequentieren, indem man akustisch "gemartert" wurde?

Was machen wir demnach mit denen, die Orgelmusik oder noch allgemeiner: klassische Musik als quälend empfinden?

Dort steht u.a. der überaus wissenschaftliche Satz:
If you can't hear it, you can't feel it.
Man kann nur hoffen, dass hier Besseres gemeint als gesagt ist. Als ob Gehörlose keine Vibration wahrnehmen könnten..